El Alto Mando de Johto representa el desafío final antes de enfrentar al Campeón. Compuesto por cuatro entrenadores de élite, cada uno especializado en un tipo de Pokémon, el Alto Mando pone a prueba las habilidades y estrategias del jugador.
El primer miembro es Will, un maestro del tipo Psíquico, cuyo equipo incluye Exeggutor, Slowbro, Jynx y dos poderosos Xatu.
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| Will, entrenador de tipo Psíquico |
A continuación, el jugador se enfrenta a Koga, un entrenador especializado en tipo Veneno que ha sido promovido de su antiguo puesto como líder de gimnasio en Kanto; su equipo incluye a Ariados, Venomoth, Forretress, y sus dos ases Crobat y Muk.
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| Koga, entrenador de tipo Veneno |
El tercer miembro, Bruno, regresa de la primera generación como especialista en Pokémon de tipo Lucha, destacando Machamp como su Pokémon principal, junto con Onix y los 3 expertos: Hitmontop, Hitmonlee y Hitmonchan.
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| Bruno, entrenador de tipo Lucha |
El último miembro del Alto Mando es Karen, quien se especializa en Pokémon de tipo Siniestro, una adición completamente nueva en la Segunda Generación, con Umbreon y Houndoom como sus principales amenazas, junto con Gengar, Murkrow y Vileplume.
Después de superar al Alto Mando, el jugador se enfrenta a Lance, el Campeón de la Liga Johto. Lance, conocido como un maestro de los Pokémon de tipo Dragón, es uno de los oponentes más desafiantes del juego, con su equipo incluyendo poderosos pokemon, entre ellos Charizard, Gyarados, Aerodactyl, y no uno ni dos sino tres Dragonite.
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| Lance, entrenador de tipo Dragón |




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